Con el uso de modernos sistemas de archivos y la creación y borrado de archivos, el espacio libre del disco duro queda dividido en pequeños bloques dispersos. Se llega a un punto en que los nuevos archivos que se crean y los viejos que se amplían no pueden guardarse en bloques contiguos sino que quedan dispersos por todo el sistema. Cuando esto ocurre, el rendimiento empeora porque hace falta realizar varias operaciones de búsqueda para acceder a un solo archivo que ha quedado fragmentado. Al desfragmentar un disco, lo que se hace es consolidar cada archivo existente y el espacio libre en grupos de sectores contiguos. Al reducirse el tiempo de búsqueda, aumenta la velocidad de acceso. Un sistema que tenga el disco duro casi lleno se fragmentará con mayor rapidez. Los discos deberán desfragmentarse antes de que alcancen una fragmentación del 10%.
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